※本記事は最終話までのネタバレを含みます。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 1話
サンセン貯蓄銀行で部長として働くキム部長は、妻を亡くして以来、高校生の娘ミンジを男手ひとつで育ててきた。ミンジは片親であることをからかわれ、チュハク建設会長チュ・ガンチャンの娘ヘリたちから陰湿ないじめを受けていた。
ついにヘリとつかみ合いになったミンジ。学校に呼ばれたキム部長は、娘の言い分を聞かないまま会長の前でひざまずいて謝罪してしまう。「どうして味方してくれないの」と泣くミンジは、母の命日でもある自分の誕生日の夜に家を出たまま戻らなかった。
翌朝、キム部長は同級生ナムフンから、誰かがミンジを呼び出していたと聞く。取り壊し予定の建物で血痕とヘリのヘアゴムを見つけた彼は、ヘリと仲間のソン・ミンホを問い詰める。実はキム部長こそ、コードネーム66として北派作戦を17回遂行した伝説の特殊工作員だった。眼鏡を外した彼は一瞬でミンホを制圧し、娘の居場所を問いただす。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 2話
キム部長がかつて命懸けの作戦を遂行し、亡き妻ユジンの「ミンジの父親として生きて」という遺言を守るため、過去を封印したことが明かされる。
一方、事件の夜の真相も描かれる。ヘリたちはナムフンの携帯でミンジを呼び出して土下座を迫り、拒まれたヘリがれんがでミンジを殴打。意識を失ったミンジの「処理」は不良のオ・ミンチョルに回され、さらにヘリの素性に目をつけた金歯（クムイッパル）がミンジをトランクに積み込んでいた。
現役時代の装備を詰めたバッグを取り出したキム部長は、オ・ミンチョルのアジトを襲撃。少年法を盾に開き直る相手に「ならば自分は無法の中年になる」と告げ、銃を向ける。だが「遺体は処理した」というメッセージを目にし、娘を失ったと思い込んで警察に連行される。
その頃、トランクの中のミンジの指がかすかに動いていた。取り調べでキム部長の指紋が「一級機密」と表示される中、押収された携帯に娘からの着信が入る。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 3話
娘が生きているかもしれないと知ったキム部長は警察署を脱出し、テコンドー道場館長の旧友ソン・ハンスのもとへ向かう。ミンジが連れ去られたと聞いたハンスはすぐに協力を決め、2人はキム部長の身柄を狙う特殊任務局（特任局）の要員たちを退けていく。
一方、留置場を抜け出したもう一人の旧友パク・ジンチョルは、キム部長の自宅で北から送り込まれた工作員パク・ガンソンと交戦し、北の刺客が潜入したことをキム部長に知らせる。
ミンジの携帯の位置を追って組織のアジトを制圧したキム部長は、ついに娘の携帯を手に入れる。そこに残されていたのは、誰にも言えずにいたミンジの孤独だった。自分を責めて涙するキム部長の頭に、ガンソンが「偽の66」と言って銃口を突きつける。
さらに、銀行の同僚チョン・サンアと近所のクリーニング店主が、実はキム部長を監視する潜入要員だったことも判明する。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 4話
少年時代に過酷な訓練を受けたキム部長が、コードネーム66のパク・ヨングァンとともに工作員へと成長し、任務中のわなで仲間を失った過去が描かれる。
現在、ヨングァンの弟ガンソンに追い詰められたキム部長は、サンアとクリーニング店主の助けで危機を脱する。銃創を負いながらも自ら止血して捜索を続け、合流したハンス、ジンチョルとともに、ミンジの携帯を拾ったホームレスから手掛かりをつかむ。
しかし移動中に車が爆発で横転。ハンスは追っ手を川へ突き落として自らも飛び込み、ジンチョルは仲間の時間を稼ぐため特任局に投降する。キム部長は一人でミョンポ港へ急いだ。
その頃、死んだと思われ冷凍倉庫に運ばれていたミンジが目を覚ましていた。だが彼女は再び金歯と鉢合わせしてしまい、港にはガンソンも姿を現す。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 5話
港でミンジを運んだ男キム・サンマンを捕らえたキム部長は、「会長の娘から連絡を受けた。最初から死んでいた」と聞かされ、怒りを爆発させる。
一方、ハンスとジンチョルは特任局の護送車を奪って追跡をかわし、武器を確保してキム部長を支える。
兄の仇を討とうとするガンソンと死闘の末、キム部長は彼を制圧する。そして、かつての作戦は総局長の座を狙うリ・ウンリョンが仕組んだわなだったこと、致命傷を負ったヨングァンが「何があっても生き延びろ」と言い残したことを伝え、再び娘の捜索へ向かう。
その頃、ミンジは鉄パイプで金歯を倒して冷凍倉庫から脱出していた。床の霜に残された娘の文字で生存を確信したキム部長は、雨のコンテナヤードでミンジの姿を見つけるが、声は届かずすれ違ってしまう。キム部長はサンアに防犯カメラでの追跡を頼む。
しかし、助けを求めてミンジが乗り込んだ車は、チュ会長の車だった。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 6話
眠ったふりをしていたミンジだったが、チュ会長に見抜かれる。会長はヘリの犯行を認めたうえで、ミンジさえ消えればいいと言い放つ。
そんな中、特任局が会長の別荘に踏み込むが、会長は安保次官に直接連絡して要員を撤収させてしまう。その隙にサンアとクリーニング店主が地下に監禁されたミンジを救い出すものの、ミンジは今度は特任局に拘束される。
特任局の取調室で、ミンジは父がかつて名をはせた工作員だったと聞かされて衝撃を受ける。一方、聴取にあたったカン・グクチョルは、騒動の発端が女子生徒同士のケンカだったと知って脱力する。
その頃、ハンスが本部に潜入して換気口からミンジのもとにたどり着き、ジンチョルも武器を積んだ車で壁を突き破って援護する。だが弾は空砲で、3人は包囲されて投降を決める。
絶体絶命のそのとき、安保次官を人質に取ったキム部長が現れ、娘に「パパが来た」と語りかける。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 7話
安保次官を盾に特任局の要員を武装解除させたキム部長は、ついにミンジを抱きしめる。
しかし帰り道、チュ会長の手下が大型トラックで襲撃し、一行は車ごとコンテナに押し込まれて睡眠ガスを浴びせられる。それでも3人は反撃に転じ、走り出したコンテナに飛び乗ったキム部長が娘を取り戻した。
ミンジを仲間に託し、一人でチュ会長と対峙したキム部長。開き直る会長に拳を振るうが、とどめの直前でミンジが父を止める。会長は、かつてキム部長が学校で口にしたのと同じ言葉でミンジに許しを請い、ミンジは自首を求めて立ち去った。
その夜、自宅を軍と特任局に囲まれる中、キム部長は娘の誕生日を祝い、初めて自分の過去を語ったうえで自ら投降する。ハンスとジンチョルも逮捕された。
ところが、監禁中に薬を打たれて目覚めた場所には、北の指導者の肖像が掲げられていた。拷問官は「故郷へようこそ、66」と告げる。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 8話
拷問を受けても口を割らなかったキム部長だが、北への送還は韓国側が仕組んだ芝居だった。部隊の幹部は、最後の任務を果たせばキム部長とミンジに新しい身分と自由を与えると約束する。
任務は、中国経由で亡命を求める北の最高幹部を南北高官会談が終わるまで守ること。キム部長はハンスとジンチョルの釈放を条件に引き受けるが、現れた亡命者は、かつて自分たちをおとりにした宿敵リ・ウンリョンだった。娘との未来のため、キム部長は怒りを抑えて護衛に就く。
一方、ひざまずかされた屈辱を忘れないチュ会長は、北の使節団に自分のリゾートを宿舎として提供し、リの護衛役がコードネーム66だと密告する。
北の工作員がセーフハウスを襲うが、キム部長らはリを連れて脱出。内通者の存在を疑い、ジンチョルの戦友会のコンテナに身を隠す。そこでハンス、ジンチョルと再会したのもつかの間、特任局が銃口を向け、リとキム部長を北へ引き渡すと告げる。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 9話
北の使節団は会談の中断をちらつかせ、リとキム部長の引き渡しを要求する。森へ移送されたキム部長の前に現れたのは、娘のための復讐に燃えるチュ会長だった。
しかしキム部長は隙を突いて北の工作員たちを制圧し、駆けつけたハンス、ジンチョルとともに形勢を逆転させる。命乞いをする会長からリの居場所を聞き出し、取引に応じた。
その後、サンアやクリーニング店主と合流した一行は、会長を先頭にリゾートへ潜入。キム部長は運転手、ジンチョルは護衛、サンアは秘書に扮し、ハンスはトランクに身を潜める。監視室を押さえた一行の中で、キム部長は外壁をロープで伝ってスイートルームに侵入し、拷問を受けていたリを救い出した。
だが北側は射殺命令を出し、電源を落として館内は暗闇の銃撃戦に。キム部長とリは包囲されてしまう。
その頃、自ら拘束を解いたチュ会長は、ハンスの息子テフンとジンチョルの娘ダビンを人質にした映像をハンスとジンチョルに突きつけていた。
「エージェント・キム：リアクティベーティッド」あらすじ 10話（最終回）
チュ会長は3人をリングに上げ、「友を殺すか、子どもを殺すか」と迫る。キム部長は殴られる役を自ら買って出るが、それは3人で示し合わせた作戦だった。会長が檻に近づいた隙にキム部長が会長を捕らえ、ハンスとジンチョルが鉄格子を壊して子どもたちを救い出す。
その後、チュハク建設は不正の暴露で解体に追い込まれる。会長は身柄を拘束される過程で金歯に襲われ、海外に逃げていたヘリも逮捕された。
一方、マカオへの亡命を求めたリは、キム部長の手でひそかにガンソンへ引き渡され、北の海辺で目を覚ます。キム部長とガンソンは、互いに生き延びることを誓って別れた。
すべてを終えたキム部長は死を偽装し、両親が眠る納骨堂で泣くミンジの前に現れる。「もうどこにも行かない」という父の言葉に、ミンジはその胸に飛び込んだ。
新しい名前で新生活を始めた父娘を、ハンスとジンチョルが引っ越しの手伝いで支える。そしてキム部長は、新しい職場「白虎人材」の面接に向かうのだった。
