※本記事は最終話までのネタバレを含みます。
「太陽の末裔」あらすじ 1話
非武装地帯で北朝鮮兵に拘束された韓国兵を救い出す任務から、物語は始まります。特殊部隊アルファチームを率いるユ・シジン大尉は、作戦で脇腹に傷を負います。
休暇に入ったシジンは、部下のソ・デヨンとともに街で少年ギボムを取り押さえ、病院へ運びます。ところがギボムはデヨンの携帯電話を持ったまま逃げ、預かった女医カン・モヨンは、二人を暴力団員だと思い込んでしまいます。
その後、誤解が解けたシジンはモヨンに傷の手当てを受け、デートに誘います。
そこへ、アフガニスタンで国連職員が拉致されたとの知らせが入ります。シジンは緊急出動の命令を受け、ヘリで飛び立っていきます。
「太陽の末裔」あらすじ 2話
アフガニスタンに着いたシジンたちは、連合軍の部隊と協力して人質の救出作戦にあたります。
一方、モヨンは教授選考で実力を認められながら落選し、悔しさを味わいます。シジンは緊急の命令で映画デートの約束を果たせず、モヨンは「これ以上は続けられない」と関係に区切りをつけます。
それから8か月後。モヨンはテレビ出演で有名になりますが、理事長の誘いをはねつけたことで嫌がらせを受け、紛争地ウルクへの医療奉仕団のチーム長に任命されます。
そして派遣先のウルクで、輸送機から降り立つ兵士の中に、あのシジンの姿がありました。
「太陽の末裔」あらすじ 3話
ウルクで再会した二人は、互いにそっけない態度を取ります。シジンの隊は、モヨンたち医療団の警護を担当することになります。
ギボムも元気な姿を見せる一方、現地では爆発事件が起き、密輸組織の存在が浮かび上がります。
そんな中、アラブ連盟の議長が急変して運び込まれます。政治的な配慮から治療は禁じられますが、シジンは規則を破り、警護の者たちに銃を向けてまで治療を優先させます。こうしてモヨンの手術が始まります。
「太陽の末裔」あらすじ 4話
モヨンの手術は成功し、議長は意識を取り戻します。ところがシジンは命令違反を問われ、懲戒委員会にかけられて、減俸と昇進審査からの除外という処分を受けます。
一方、デヨンには帰国命令が出て、ミョンジュとの別れを惜しみます。
その後、シジンとモヨンは互いに非を認めて和解します。酒を飲みながら過ごすうち、シジンはモヨンにキスをします。
「太陽の末裔」あらすじ 5話
キスのあと、二人は気まずい空気のまま過ごします。
そんな中、二人は行方のわからなくなった患者の少年を探して村へ向かいます。銃の密輸を追うシジンは、密輸組織を率いているのが、かつての戦友アーガスだと突き止めます。
その後、モヨンの運転する車が崖から海へ転落しますが、シジンに救い出されます。
翌日、帰国を控えたシジンの送別会が開かれます。別れ際、シジンは「謝りましょうか、それとも告白しましょうか」とモヨンに問いかけます。
「太陽の末裔」あらすじ 6話
モヨンは「謝ってほしい」と答え、シジンはそのまま韓国へ帰国します。
帰国後、モヨンは自分の気持ちに気づいて後悔します。
ところがそのとき、ウルクを大地震が襲います。モヨンは医療チームとして現地に残ることを決め、シジンとデヨンもヘリで急ぎ現場へ向かいます。
やがて被災地で再会した二人は、別れたことを悔やむ気持ちを互いに伝え合います。
「太陽の末裔」あらすじ 7話
倒壊した発電所などで、シジンたちの救助活動が続きます。
現地責任者のチン所長は自分の都合を優先する言動を見せ、シジンは「人命が最優先」だと反発します。作業中にはシジン自身も負傷します。
がれきの下から、コ班長ら生存者が見つかります。モヨンは、どちらか一人しか助けられないという苦しい選択を迫られます。班長は、自分ではなく別の人を助けてほしいと願い、その後、息を引き取ります。
「太陽の末裔」あらすじ 8話
モヨンは、班長の遺言を妻に伝えるという辛い役目を果たします。
一方、救助の現場では、チン所長が無断で重機を動かし、建物を崩れさせてしまいます。怒ったデヨンは所長を殴りつけ、大隊長は軍法会議を警告します。
やがて捜索が終わったころ、モヨンの録音していたシジンへの告白の声が、思いがけず建物中に流れてしまいます。
「太陽の末裔」あらすじ 9話
告白の放送に動揺したモヨンはシジンから逃げ回りますが、ミョンジュから恋の助言を受けます。やがてシジンは「僕の想いのほうが強い」と気持ちを伝えます。
その後、二人が乗った車が地雷原に迷い込みます。無事に抜け出したトラックの上で、二人はキスを交わします。
一方、チン所長は持ち出したダイヤをめぐってアーガスと接触します。
そこへ、ミョンジュの父であるユン司令官がウルクに到着します。ミョンジュとデヨンの関係も、司令官の前で問われることになります。
「太陽の末裔」あらすじ 10話
シジンとモヨンが村で見つけた子どもたちは、医療施設へ運ばれ、手当てを受けます。
一方、少女ファティマをめぐって銃撃を伴う騒ぎが起き、シジンが駆けつけます。
その後、チン所長の手術中に、モヨンは未知のウイルスによる感染症を発見します。血液に触れたモヨンとミョンジュは隔離されます。
検査の結果、ミョンジュの感染が判明し、デヨンは泣きながら彼女を抱きしめます。
「太陽の末裔」あらすじ 11話
ミョンジュは致死率の高い感染症のため隔離され、熱は41度まで上がります。デヨンは、隔離先から無線で彼女に呼びかけ続けます。
チン所長も容体が急変し、治療にあたったチフンは腕を噛まれるなど、危険にさらされます。
治療薬を確保するため、アーガスとの取引が持ち上がります。ところが薬の運搬をめぐる混乱の中、モヨンはアーガスに拉致されてしまいます。
シジンは、司令官から限られた時間の外出許可を取りつけ、モヨンの救出へ向かいます。
「太陽の末裔」あらすじ 12話
シジンは単独でモヨンの救出作戦を開始し、デヨンやアルファチームの仲間が支援に加わります。
一行はアーガスの部下たちを制圧し、拉致されていた子どもたちも救い出します。追い詰められたアーガスは、最後に命を落とします。
モヨンは無事に救出され、医療団は韓国へ帰国します。
帰国を前に、モヨンはシジンを抱きしめ、これからは彼の気持ちを受け止めていくと伝えます。
「太陽の末裔」あらすじ 13話
帰国したモヨンは病院に復帰しますが、開業のための融資が受けられないと知ります。辞表を出したものの、結局は救急室へ配置転換されます。
シジンも帰国して休暇を過ごし、酔ったモヨンを送った際に、彼女の母と顔を合わせます。
その後、南北関係の会談を警備する任務が始まり、北朝鮮側のアン・ジョンジュンが登場します。
任務のさなかに銃撃事件が起き、負傷者が病院へ運ばれます。デヨンの退役をめぐって、ミョンジュとの間にも溝が生まれます。
「太陽の末裔」あらすじ 14話
任務中に重傷を負ったシジンが、モヨンの勤める病院に運び込まれます。心肺が停止した状態でしたが、モヨンの必死の処置で持ち直します。
同じ病院には、負傷したアン上尉も搬送されていました。体内からは、マイクロチップが見つかります。北の保衛部のチェ部長は、アン上尉の引き渡しを求めます。
その後、事件の背景をめぐる動きが次々と明らかになります。
一方、シジンとモヨンは、映画を観ながら眠ってしまうという穏やかな時間を過ごします。
「太陽の末裔」あらすじ 15話
退院したシジンは、モヨンと幸せな時間を過ごします。
一方、別れたデヨンとミョンジュは食事をともにしますが、話はすれ違ったままです。ユン司令官は、デヨンに退役志願書へのサインか任務への参加かを迫り、デヨンは任務を選びます。
シジンはモヨンに、3か月の長期任務を告げ、季節が変わるころには戻ると約束して出発します。
ところが、モヨンのもとには帰らないままシジンからの返事も途絶え、やがて二人の戦死の知らせが届きます。
そんな中、海外で奉仕活動に向かったモヨンの前に、思いがけずシジンが姿を現します。
「太陽の末裔」あらすじ 16話（最終回）
モヨンはシジンと再会し、涙ながらに愛を伝えます。二人は爆撃のあと民兵に捕らえられていましたが、北朝鮮のアン・ジョンジュンに助け出されていたのでした。
一方、100年ぶりの雪が降るウルクでは、ミョンジュとデヨンが再会し、雪の中でキスを交わします。
その後、帰国した二人は司令官に迎えられ、軍務を続けます。シジンとモヨンは、釣りに行こうと将来の約束を交わします。
やがて、ダニエルとイェファの結婚式のためカナダのバンクーバーに集まりますが、そこで火山が噴火します。一同は再び、軍人と医師としての務めに向かって走り出します。
